2004年11月4日—6日，教育部和国家自然科学基金委专家组一行15人对2000年以来我校地理学、物理学、化学和生物学国家理科基础科学研究和教学人才培养基地建设与发展情况和国家基础科学人才培养基金使用情况进行了现场评估。专家组组长由原北京大学常务副校长、博士生导师王义遒教授担任，成员包括北京大学博士生导师高崇寿教授、山东大学博士生导师刘希明教授、北京大学博士生导师夏正楷教授、北京师范大学博士生导师张兰生教授、华东师范大学博士生导师许世远教授、吉林大学博士生导师宋天佑教授、北京大学博士生导师李克安教授、武汉大学博士生导师季振平教授、武汉大学副校长、博士生导师李文鑫教授、四川大学博士生导师王喜忠教授、清华大学博士生导师周海梦教授、武汉大学教务部副部长刘春江副教授、国家自然科学基金委员会综合计划局谢焕瑛处长及教育部高教司马杰同志。
    此次国家理科基础科学研究和教学人才培养基地和国家基础科学人才培养基金评估工作由教育部高教司和国家自然科学基金委员会联合组织，全国47所院校的83个国家理科基础科学研究和教学人才培养基地和15个试办国家理科基地均统一参加此次评估，为期两个月。评估工作分为三个步骤：第一，学校自评；第二，专家组现场评估；第三，国家基础科学人才培养基金管理委员会审定基金评估结果，教育部审定基地评估结论。现场评估结束后，教育部高教司和国家自然科学基金委综合计划局将根据专家评估意见和打分表及其他情况进行综合评估，并按学科对所有98个基地进行排序，以决定“十五”后三年国家人才培养基金的资助力度。对于各学科点排名靠后的国家理科基地，教育部将考虑对这些基地进行降格处理，国家自然科学基金委员会也将停止对这些基地的资助。因此，此次评估对学校及四个国家理科基地意义极为重大。
    按照要求，我校于今年6月21—23日组织了以李吉均院士为组长、各学科专家及各相关职能部门负责人为成员的专家组，对四个国家理科基地的建设与发展情况及国家人才培养基金使用情况进行了学校自评，并在肯定各基地建设成绩的基础上，对各基地建设与发展及人才培养基金使用情况中存在的问题提出了意见和建议。各基地认真总结，根据专家组的意见和建议并结合自身情况对存在的一些问题进行了整改，对专家组现场评估工作做了充分的准备。
    在为期两天的现场评估工作中，专家组于11月5日上午首先听取了郑晓静副校长对兰州大学国家理科基地“十五”建设与发展情况的总体汇报，接下来按学科分成四个小组，在盘旋路校区和榆中校区通过听取各基地工作汇报、与各基地师生代表及学校职能部门干部代表座谈、听课、观看实验、查阅资料、实地考察等方式，分别对我校地理学、物理学、化学、生物学四个国家理科基地“十五”期间的建设情况进行了全面深入的检查和评估。
    11月6日下午，评估专家组在逸夫科学馆201会议室向学校领导、四个国家理科基地和所在学院党政负责人以及学校相关职能部门负责人进行了意见反馈。专家组组长、北京大学博士生导师王义遒教授代表专家组做了发言，对我校国家理科基地“十五”建设与发展取得的成绩给予了充分肯定，认为兰州大学对理科基地建设工作非常重视，理科基地建设目标和办学指导思想明确，以精英教育作为本科教学定位思路，积极探索理科基础科学研究与教学人才的成长规律和教育教学规律，改革了教学计划，优化了课程设置，在政策和投入上向理科基地倾斜，提供了较高比例的配套建设经费，基地建设管理规范，措施得力。总体来说，在基地建设、教学改革和人才培养等方面成效显著。北京大学夏正楷教授、高崇寿教授、吉林大学宋天佑教授、武汉大学李文鑫教授分别代表各评估小组宣读了对我校地理学、物理学、化学、生物学四个基地的评估意见，对各基地的工作及取得的成绩给予了高度评价，并对基地今后的建设与发展提出了意见和建议。最后，郑晓静副校长和李发伸校长分别代表学校讲话，感谢专家组对我们工作的充分肯定，尤其对各基地下一步发展所提供的宝贵意见和建议，表示学校将认真研讨专家组的评估意见，在此基础上提出下一个五年的发展规划、措施和方案，进一步巩固基地建设的成果，提高基地的建设水平，并认真推广这一模式，使基地的带动作用辐射到其他本科专业，乃至辐射到整个西北地区的高等教育以及人才培养和社会经济发展；希望教育部和国家自然科学基金委能够继续大力支持兰州大学各个基地的建设与发展，使之为建设高水平的高等理科教育体系和实现学校综合性、研究型、国内外知名的高水平大学的办学目标作出更大的贡献。